Marionnet est né en avril 2005 comme simple interface textuelle à l'ensemble de scripts Netkit, basés eux mêmes sur la technologie de virtualisation User Mode Linux. Dès cette première version, Marionnet a été écrit dans le langage de programmation fonctionnel OCaml par Jean-Vincent Loddo de L'Université Paris 13 pour ses propres enseignements.
Le code a été complètement réécrit en septembre 2005 pour équiper le logiciel d'une interface graphique tout en éliminant la dépendance à Netkit. Dès cette version, le réseau virtuel défini par l'utilisateur est représenté automatiquement au centre de la fenêtre du logiciel, pour éviter que l'utilisateur dessine lui même la topologie du réseau. Cette fonctionnalité est réalisée grâce à l'outil dot de la suite  graphviz. L'architecture du logiciel a été ensuite étendue par Luca Saiu, qui a rejoint le projet en 2007, en particulier pour permettre une reconfiguration dynamique ("à chaud") du réseau. Le logiciel est couramment utilisé dans plusieurs universités en France et à l'étranger.

Etat actuel
Marionnet est aujourd'hui dans un état stable et est utilisé avec succès dans plusieurs université à travers le monde, afin d'enseigner les réseaux. Actuellement le développement de Marionnet est focalisé sur la facilité d'utilisation de l'application avec un accent particulier sur la documentation. L'application est désormais international à travers GNU Gettext.
Jusqu'à maintenant Marionnet a été présenté à deux conférences internationales sur la science des ordinateurs, plusieurs évènement Français et au FOSDEM.
En 2010, pour alléger notre charge d'administration système, nous avons déplacé nos ressources de développement vers Launchpad.
À l'avenir, nous prévoyons d'inclure des paquets offciels pour Marionnet dans la plupart des distribution.